Problemet teknike dhe mungesa e kapaciteteve kanë shkaktuar vonesa të gjata në pikat kufitare, ku pritjet në disa raste zgjasin edhe disa orë. Për të shmangur mbingarkesën, disa vende kanë vendosur ta pezullojnë përkohësisht ose ta zbatojnë pjesërisht sistemin.

Ndër shtetet që kanë raportuar vështirësi janë Belgjika, Franca dhe Holanda, ku situata ka krijuar radhë të gjata, sidomos në aeroporte si ai i Brukselit.

EES synon të zëvendësojë vulosjen manuale të pasaportave me regjistrim biometrik, duke përfshirë fotografi të fytyrës dhe gjurmë gishtash, me qëllim forcimin e kontrollit kufitar dhe parandalimin e tejkalimit të qëndrimit në territorin e BE-së.

Komisioni Evropian ka lejuar fleksibilitet në zbatim, ndërsa pritet që vendet anëtare të koordinohen për një afat të ri dhe më realist për implementimin e plotë të sistemit.